| 2006 |
| 春季特別展 |
| 『葛城氏の実像』－葛城の首長とその集落－ |
| 2006年4月22日（土）～6月18日（日） |
| 速報展 |
| 『大和を掘る 24』－2005年度発掘調査速報展－ |
| 2006年7月8日（土）～8月20日（日） |
| 特別陳列 |
| 『高句麗壁画古墳展』－世界遺産に登録された高句麗古墳群によせて－ |
| 2006年9月2日（土）～9月24日（日） |
| 秋季特別展 |
| 『海を越えたはるかな交流』－橿原の古墳と渡来人－ |
| 2006年10月7日（土)～11月26日(日) |
| 越年特別陳列 |
| 『猪突猛進』－十二支の考古学－ |
| 2006年12月16日（土）～2007年1月28日（日） |
| 特別陳列 |
| 『新羅瓦塼の美』－旧制畝傍中学校所蔵の考古精華展－ |
| 2007年2月17日（土）～3月25日（日） |