| 2003 |
| 春季特別展 |
| 『古墳時代の馬との出会い』―馬と馬具の考古学― |
| 2003年 4月19日(土)～ 6月 8日(日) |
| 特別陳列 |
| 『古瓦』―巨勢寺跡出土の瓦― |
| 2003年6月21日(土)～7月 6日(日) |
| 速報展 |
| 『大和を掘る21』―2002年度発掘調査速報展― |
| 2003年 7月19日（土）～ 8月31日（日） |
| 特別陳列 |
| 『飛鳥の苑池』飛鳥京ルネッサンス関連展 |
| 2003年9月20日（土）～ 9月28日（日） |
| 秋季特別展 |
| 『カミよる水のまつり』－「導水」の埴輪と王の治水－ |
| 2003年10月11日（土）～11月30日（日） |
| 特別企画 |
| 『映画「月の輪古墳」上映会・講演会』 |
| 2003年12月14日（日） 午後2時～ |
| 特別陳列 |
| 『佐紀古墳群の埴輪』－宮内庁書陵部所蔵品を中心として－ |
| 2004年1月24日（土）～2月22日（日） |
| 特別陳列 |
| 『葛城の埴輪』－館蔵資料の展示－ |
| 2004年3月6日（土）～4月4日（日） |
| 2002 |
| 速報展 |
| 『新出の飛鳥京跡苑池出土木簡』 |
| 2002年4月6日（土）～4月14日（日） |
| 春季特別展 |
| 『大和と東国』－初期ヤマト政権を支えた力－ |
| 2002年4月20日（土）～6月9日（日） |
| 企画展 |
| 『スポーツむかしむかし』 －蹴る・乗る・射る・打つ・走る－ |
| 2002年5月30日（木）～6月16日（日） |
| 速報展 |
| 『大和を掘る20』－2001年度発掘調査速報展－ |
| 2002年7月21日（日）～9月1日（日） |
| 特別陳列 |
| 『復元・鴨都波１号墳の靫』 |
| 2002年9月14日（土）～9月22日（日） |
| 秋季特別展 |
| 『政権交替』－古墳時代前期後半のヤマト－ |
| 2002年10月5日（土）～11月24日（日） |
| 特別陳列／重要文化財指定記念 |
| 『橿原遺跡』 |
| 2002年10月19日（土）～12月15日（日） |
| 特別陳列 |
| 『古墳出土土器が語るもの』 ―オオヤマトの前期古墳資料展― |
| 2003年3月1日（土）～3月30日（日） |
| 2001 |
| 春季特別展 |
| 『聖徳太子の遺跡』－斑鳩宮造営千四百年－ |
| 2001年4月21日（土）～2001年6月10日（日） |
| 速報展 |
| 『大和を掘る・19』－2000年度発掘調査速報展－ |
| 2001年7月21日（土）～9月2日（日） |
| 秋季特別展 |
| 『縄文文化の起源を探る』－はじめて土器を手にしたひとびと－ |
| 2002年10月6日（土）～11月18日（日） |
| 速報展 |
| 橿原市 四条シナノ遺跡出土「石見型盾形埴輪」 |
| 2001年11月20日（火）～2002年1月18日（金） |
| 特別陳列 |
| 『白鳳のイメージ』－奈良県出土磚仏展－ |
| 2002年3月2日（土）～4月7日（日） |
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