進入彌生時代，稻作在奈良縣內逐漸普及，形成了村落，從水田遺跡和出土的農業工具可見其端倪。同時，金屬器的生產也開始起步，像唐古・鍵遺址這樣具有環壕防護的大型聚落逐漸興起。

古墳時代的奈良自3世紀以來作為“大和王權”的中心地域而繁榮，修建了巨大的前方後圓墳。 進入5世紀，迎來了向中國派遣使節的“倭五王”時代，巨大的前方後圓墳逐漸轉移至大阪平原。 而隨著以朝鮮半島為中心的渡來人移居日本，鐵器生產 、窯業生產等手工業和馬匹養殖業迅速發展。 到了6世紀，大型古墳規模縮小，轉而營建由密集的小型古墳構成的羣集墳。 社會結構發生了變化，逐漸向下一個時代演進。

飛鳥・奈良時代日本定都於大和，從飛鳥遷都藤原京，繼而遷至平城京。 飛鳥・奈良時代的日本舉國信奉佛教。 伴隨著宗教信仰，中國與朝鮮半島的最新技術、文化和藝術也傳入日本。 8世紀，以貴族和高級官員為中心，葬制從古墳向火葬墓轉變。 然而，這只是暫時的變化，尚未形成定制。

平安時代遷都平安京後，大和作為南都而繁榮，參詣吉野・金峰山的活動在貴族間流行。
中世紀的大和以興福寺為中心，發展成為繁華的寺社都市和工商都市。