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特別展 大和のはにわ・十津川の民具
特別展 鏡・玉・剣
大和の古瓦-大和歴史館古瓦蔵品目録-
大和の地宝-戦後国有化された出土品-
大和の埋蔵文化財
飛鳥・藤原京展
特別展 大和の主要遺跡展
特別展 古墳と陵墓展
特別展 新沢千塚展
特別展 むら・まつり・こふん -4・5世紀の磯城・磐余-
特別展 古代人のいのり-土偶から墨書人面土器まで-
特別展 大和出土の国宝・重要文化財
春季特別展 韓国古代文化拓本展
特別展 葛城の古墳と古代寺院
特別展 日本考古学のあゆみ -浜田青陵と大和の遺跡-
特別展 音の考古学「古代の響」
特別展 中国の都城遺跡-出土文物と派遣研究員の踏査記録-
特別展 三世紀の九州と近畿
特別展 奈良・平安の中国陶磁 -西日本出土品を中心として-
特別展 大和の埴輪
特別展 伊勢神宝と考古学
特別展 法隆寺考古展
特別展 弥生人の四季
特別展 弥生人のメッセージ「絵画と記号」-唐古・鍵遺跡調査50周年記念-
春季特別展 唐草文の世界 -西域からきた聖なる文様-
秋季特別展 倭の五王時代の海外交流 -渡来人の足跡-
特別展 絲綢(シルクロード)の道と探検の記録
特別展 橿原考古学研究所50周年記念特別展 石舞台から藤ノ木古墳
特別展 藤ノ木古墳 -古代の文化交流を探る-
アンコールシルク博特別展 藤ノ木古墳とその時代 
秋季特別展 弥生動乱の時代 -吉野ヶ里遺跡の同時代史-
春季特別展 縄文文化東からの流れ -橿原遺跡の縄文晩期の世界-
特別展 はにわの動物園 -関東の動物埴輪の世界-
特別展 はにわの動物園Ⅱ -近畿の動物埴輪の世界-
特別展 魔鏡/光の考古学
春季特別展 隼人 -古墳時代の南九州と近畿-
特別展 1500年前のシルクロ-ド「新沢千塚の遺宝とその源流」
春季特別展 吉野・紀ノ川悠久の流れ -古代・大和と紀伊の文化交流-
秋季特別展 聖徳太子の時代 -変革と国際化のなかで-
春季特別展 倭人の世界 -楽浪海中の弥生文化-
秋季特別展 中世びとのくらしと喜怒哀楽
ロマントピア藤原京’95協賛特別展 遣唐使が見た中国文化 
-中国社会科学院考古研究所最新の精華-
秋季特別展 古代葛城の王 -王をささえた技術者集団-
春季特別展 弥生の風景 -唐古・鍵遺跡の発掘調査60年-
リニューアルオープン記念特別展 発掘 大和の遺宝
春季特別展 聖徳太子と斑鳩 -藤ノ木古墳・法隆寺をめぐる人々-
秋季特別展 橿原考古学研究所60周年記念特別展 オオヤマトの古墳と王権
春季特別展 蓮華百相 -瓦からみた初期寺院の成立と展開-
秋季特別展 古墳のための年代学(クロノロジー)-近畿の古式土師器と初期埴輪-
春季特別展 権威の象徴 -古墳時代の威儀具-
秋季特別展 大仏開眼 -東大寺の考古学-
春季特別展 聖徳太子の遺跡 -斑鳩宮造営千四百年-
秋季特別展 縄文文化の起源を探る -はじめて土器を手にしたひとびと-
春季特別展 大和と東国 ~初期ヤマト政権を支えた力~
秋季特別展 政権交代 -古墳時代前期後半のヤマト-
春季特別展 古墳時代の馬との出会い  -馬と馬具の考古学-
秋季特別展 カミよる水のまつり -「導水」の埴輪と王の治水-
春季特別展 天武・持統朝 その時代と人々
秋季特別展 前方後方墳 -もう一人の主役-
春季特別展 ムラの変貌 -弥生時代後期の大和とその周辺-
秋季特別展 巨大埴輪とイワレの王墓 -桜井茶臼山・メスリ山古墳の全容-
秋季特別展 メスリ山古墳大型円筒埴輪復元制作の記 -巨大埴輪とイワレの王墓-
春季特別展 葛城氏の実像 -葛城の首長とその集落-
秋季特別展 橿原市市制50周年記念 海を越えた遙かな交流 -橿原の古墳と渡来人-
春季特別展 山の神と山の仏 -山岳信仰の起源をさぐる-
秋季特別展 金の輝き、ガラスの煌めき -藤ノ木古墳の全貌-
春季特別展 はにわ人と動物たち -大和の埴輪 大集合-
秋季特別展 宮都 飛鳥
春季特別展 吉野川紀行 -吉野・宇智をめぐる交流と信仰-
秋季特別展 銅鐸 -弥生時代の青銅器生産-
春季特別展 大唐皇帝陵展
秋季特別展 奈良時代の匠たち-大寺建立の考古学-
春季特別展 弥生の里-くらしといのり-
秋季特別展 仏教伝来
春季特別展 三国志の時代-2・3世紀の東アジア-
秋季特別展 『日本国』の誕生-古事記が出来たころ-
春季特別展 5世紀のヤマト-まほろばの世界-
秋季特別展 美酒発掘
春季特別展 弥生時代の墓-死者の世界-
秋季特別展 飛鳥宮・難波宮・大津宮
春季特別展 継体大王とヤマト
秋季特別展 人のかたちの埴輪はなぜ創られたのか
春季特別展 やまとのみやけと女性司祭者―史跡 島の山古墳発掘20年―
秋季特別展 蘇我氏を掘る
春季特別展 新作発見!!弥生絵画―人・動物・風景―」
秋季特別展 黒塚古墳のすべて